Publications
Information about journal articles, updated at 03-11-2024, from platform CIÊNCIAVITAE.
POSEIDON: Peptidic Objects SEquence-based Interaction with cellular DOmaiNs: a new database and predictor
A. J. Preto; Caniceiro, Ana B.; Francisco Duarte; Fernandes, Hugo; Lino Ferreira; Mourão, Joana; Moreira, Irina S, Journal of Cheminformatics. 18. 16. 2024. https://jcheminf.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13321-024-00810-7 . published Journal of Cheminformatics
MUG: A mutation overview of GPCR subfamily A17 receptors
Beatriz Caniceiro; Bueschbell, Beatriz; Barreto, Carlos A.V.; A. J. Preto; Moreira, Irina S, Computational and Structural Biotechnology Journal. 586 - 600. 21. 2023. http://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2022.12.031 . 10.1016/j.csbj.2022.12.031 . published Computational and Structural Biotechnology Journal
DELFOS-drug efficacy leveraging forked and specialized networks-benchmarking scRNA-seq data in multi-omics-based prediction of cancer sensitivity
Luiz Filipe Piochi; Preto, A.J.; Moreira, Irina S, Bioinformatics. 39(11). 1. 2023. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37862234/ . published Bioinformatics
DrugTax: package for drug taxonomy identification and explainable feature extraction
A. J. Preto; Paulo C. Correia; Moreira, Irina S., Journal of Cheminformatics. 73. 14. 2022. https://jcheminf.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13321-022-00649-w . published Journal of Cheminformatics
SYNPRED: prediction of drug combination effects in cancer using different synergy metrics and ensemble learning
António J Preto; Pedro Matos-Filipe; Joana Mourão; Irina S Moreira, GigaScience. 2022. https://doi.org/10.1093/gigascience/giac087 . 10.1093/gigascience/giac087 . GigaScience
Decoding Partner Specificity of Opioid Receptor Family
Barreto, Carlos A.V.; Baptista, Salete J.; Preto, A.J.; Silvério, Daniel; Moreira, Irina S, Frontiers in Molecular Biosciences. 8. 2021. https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2021.715215/full . 10.3389/fmolb.2021.715215 . published Frontiers in Molecular Biosciences
SPOTONE: Hot Spots on Protein Complexes with Extremely Randomized Trees via Sequence-Only Features
A. J. Preto; Irina S. Moreira, International Journal of Molecular Sciences. 2020. https://doi.org/10.3390/ijms21197281 . 10.3390/ijms21197281 . International Journal of Molecular Sciences
The central role of non-structural protein 1 (NS1) in influenza biology and infection
Rosário-Ferreira, N.; Preto, A.J.; Melo, R.; Moreira, I.S.; Brito, R.M.M., International Journal of Molecular Sciences. 4. 21. 2020. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85079907100&partnerID=MN8TOARS . 10.3390/ijms21041511 . International Journal of Molecular Sciences
Understanding the Binding Specificity of G-Protein Coupled Receptors toward G-Proteins and Arrestins: Application to the Dopamine Receptor Family
A. J. Preto; Carlos A. V. Barreto; Salete J. Baptista; José Guilherme de Almeida; Agostinho Lemos; André Melo; M. Nátalia D. S. Cordeiro; et al, Journal of Chemical Information and Modeling. 2020. https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00371 . 10.1021/acs.jcim.0c00371 . Journal of Chemical Information and Modeling
Understanding the binding specificity of G-protein coupled receptors towards G-proteins and Arrestins: application to the dopamine receptor family
Preto, A.J., Journal of Chemical Information and Modeling. 2020. accepted Journal of Chemical Information and Modeling
A complete assessment of dopamine receptor-ligand interactions through computational methods
Bueschbell, B.; Barreto, C.A.V.; Preto, A.J.; Schiedel, A.C.; Moreira, I.S., Molecules. 7. 24. 2019. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85063758354&partnerID=MN8TOARS . 10.3390/molecules24071196 . Molecules
In silico studies targeting G-protein coupled receptors for drug research against Parkinson’s disease
Lemos, A.; Melo, R.; Preto, A.J.; Almeida, J.G.; Moreira, I.S.; Cordeiro, M.N.D.S., Current Neuropharmacology. 786 - 848. 6. 16. 2018. http://www.scopus.com/inward/record.url?eid=2-s2.0-85052540247&partnerID=MN8TOARS . 10.2174/1570159X16666180308161642 . Current Neuropharmacology
An overview of antiretroviral agents for treating HIV infection in paediatric population
Melo, Rita; Lemos, Agostinho; Preto, António J.; Bueschell, Beatriz; Matos-Filipe, Pedro; Barreto, Carlos; Almeida, José G.; et al, Current Medicinal Chemistry. 25. 2018. http://dx.doi.org/10.2174/0929867325666180904123549 . 10.2174/0929867325666180904123549 . Current Medicinal Chemistry
Computational Approaches in Antibody-drug Conjugate Optimization for Targeted Cancer Therapy
Melo, Rita; Lemos, Agostinho; Preto, Antonio J.; Almeida, Jose G.; Correia, Joao D.G.; Sensoy, Ozge; Moreira, Irina S., Current Topics in Medicinal Chemistry. 1091 - 1109. 13. 18. 2018. http://dx.doi.org/10.2174/1568026618666180731165222 . 10.2174/1568026618666180731165222 . Current Topics in Medicinal Chemistry
SpotOn: High Accuracy Identification of Protein-Protein Interface Hot-Spots
Moreira, Irina S.; Koukos, Panagiotis I.; Melo, Rita; Almeida, Jose G.; Preto, Antonio J.; Schaarschmidt, Joerg; Trellet, Mikael; et al, Scientific Reports. 1. 7. 2017. http://dx.doi.org/10.1038/s41598-017-08321-2 . 10.1038/s41598-017-08321-2 . Scientific Reports
Membrane proteins structures: A review on computational modeling tools
Almeida, Jose G.; Preto, Antonio J.; Koukos, Panagiotis I.; Bonvin, Alexandre M.J.J.; Moreira, Irina S., Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes. 2021 - 2039. 10. 1859. 2017. http://dx.doi.org/10.1016/j.bbamem.2017.07.008 . 10.1016/j.bbamem.2017.07.008 . Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes
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Information of exclusive responsibility of the researcher 03-11-2024 , from platform CIÊNCIAVITAE.
2021/02/01 - 2024/01/31
Descoberta do Interactoma vírus-hospedeiro: uma abordagem guiada por AI e dados multi-ómicos <br>
DSAIPA/DS/0118/2020
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular; CNC.IBILI; Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa; Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento
Funders: Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2021/02/01 - 2024/01/31
Descoberta do Interactoma vírus-hospedeiro: uma abordagem guiada por AI e dados multi-ómicos <br>
DSAIPA/DS/0118/2020
Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular; CNC.IBILI; Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores Investigação e Desenvolvimento em Lisboa; Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento
Funders: Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2019/11/01 - 2022/10/31
Deep-Learning application to in silico Drug Design
SFRH/BD/144966/2019
Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar
Funders: Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2019/11/01 - 2022/10/31
Deep-Learning application to in silico Drug Design
SFRH/BD/144966/2019
Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar
Funders: Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2019/11/01 - 2022/10/31
Deep-Learning application to in silico Drug Design
SFRH/BD/144966/2019
Universidade de Coimbra Instituto de Investigação Interdisciplinar
Funders: Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2018/09/03 - 2022/03/04
Proteínas Membranares - desenvolvimento de novas técnicas de modelação computacional e sua aplicação ao estudo dos recetores acoplados a proteína G
PTDC/QUI-OUT/32243/2017
Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento; Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular
Funders: Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2018/09/03 - 2022/03/04
Proteínas Membranares - desenvolvimento de novas técnicas de modelação computacional e sua aplicação ao estudo dos recetores acoplados a proteína G
PTDC/QUI-OUT/32243/2017
Associação do Instituto Superior Técnico para a Investigação e Desenvolvimento; Universidade de Coimbra Centro de Neurociências e Biologia Celular
Funders: Fundação para a Ciência e a Tecnologia
2018 - 2021
Membrane proteins ¿ development of new computational approaches and its application to G-Protein Coupled Receptors
FCT - PTDC/QUI-OUT/32243/2017
Funders: N/A
2018 - 2021
Membrane proteins – development of new computational approaches and its application to G-Protein Coupled Receptors
FCT - PTDC/QUI-OUT/32243/2017
Researcher
2018 - 2021
Deep learning in cancer drug discovery: a pipeline for the generation of new therapies
FCT- POCI-01-0145-FEDER-031356
Researcher
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